El hermano que se dedica a la enseñanza cristiana respondiendo al llamado de Dios, debería ser un hombre de Dios. «Lo primero que se debe hacer cuando uno entra en comunidad, para ser en ello elegido de Dios, es aprender con diligencia —sostiene De La Salle— a hacer oración y aplicarse en ella».
Desde su formación sulpiciana San Juan Bautista conocía y aceptaba la importancia fundamental de la vida de oración. Hombre de oración era ya al salir de San Sulpicio, creciendo su afición por los ejercicios espirituales en su peregrinaje de fe. Es por eso que, resumiendo los grandes aciertos de su propia espiritualidad, según su carisma elabora para los hermanos un método de oración.
Ya por 1693, en la Colección se encuentra sucintamente expuesto un Método de Oración (20 pp.). Pero a lo largo de los años, toda su enseñanza contendrá referencias al tema, particularmente las Reglas y las Meditaciones. «Estimad mucho el santo ejercicio de la oración, porque es fundamento y sostén de todas las virtudes, y manantial de las luces y de las gracias que necesitamos, tanto para santificarnos como para desempeñar bien nuestros empleos».
El método lasaliano de orar es una respuesta particular ante la necesidad de formar en la vida interior a los miembros de su comunidad, dotándoles de una unidad de perspectiva al acercarse a ejercicio tan fundamental, y al mismo tiempo evitar errores sobre el asunto difundidos por el jansenismo y el quietismo.
Mientras se sumaban los centros educativos de pedagogía lasaliana —cerca de sesenta habían de ser hasta la muerte del fundador—, se perfilaba su ascética centrada en la presencia de Dios, la oración mental intensa y la mortificación interior —«Prefiero una onza de mortificación interior —repetía con frecuencia— que una libra de penitencia externa»—, y se afirmaba el método de oración que quedaría didácticamente expuesto en Explicación del método de oración, redactado en sus últimos años, y publicado póstumamente en 1739. Murió en Ruán, en 1719, aquejado de diversas enfermedades.
Se trata de un método propio, en el que Juan Bautista sintetiza las diversas corrientes que se han ido fusionando en su propia espiritualidad. En él se descubre con claridad la influencia sulpiciana. La parte correspondiente a los ejercicios de presencia de Dios resulta ser la de mayor originalidad, denotando, sin embargo, la huella de la Introducción a la vida devota de San Francisco de Sales, particularmente en los actos, y la influencia del capuchino Juan Francisco Dozet (m. 1660), conocido como «de Reims», a través de su obra La verdadera perfección de este camino en el ejercicio de la presencia de Dios, varias veces reimpresa. En ella se percibe la importancia de la presencia de Dios, destacándose diversas manifestaciones en la oración, la liturgia, la Santa Misa, el Oficio Divino y las creaturas.
San Juan Bautista pone en el núcleo de su espiritualidad la fe viva, la que no se limita a confesar las verdades que enseña la Iglesia y propone el Magisterio —en lo que manifestaba un especial cuidado— sino que se orienta a la adhesión a la persona de Jesucristo, el Verbo Encarnado, y a sus misterios. La existencia cristiana implica una dinámica de fe que mira a la Trinidad y es el fundamento de la caridad, en especial de la caridad fraterna. Entiende que la fe fue el don de Pentecostés, por lo que el hombre que aspira a vivir su fe se debe abrir dócilmente a las mociones del Espíritu Santo. El esfuerzo de la persona por experimentarse desde lo profundo, por vivir la dimensión de «hombre interior», está ordenado a corresponder a los movimientos del Espíritu Santo. En su método de oración, a pesar de estar compuesto por numerosos actos que parecen no dar espacio a la acción del Espíritu, el abandono a la conducción divina está presente como un sustrato fundamental.
La clave de la vida interior es para el gran santo pedagogo el vivir en presencia de Dios. Consecuentemente presta especial atención a la doctrina de la presencia de Dios y al ejercicio de Su presencia. Precisamente en esa perspectiva pone de relieve los ejercicios de presencia de Dios en la primera parte de su método de oración. En todo esto se descubre la experiencia de Juan Bautista como el crisol donde se han fusionado diversas influencias.
El cuerpo, con su triple aplicación a la consideración de un misterio, virtud o máxima, y la conclusión, reflejan la espiritualidad nacida de San Sulpicio. La división en actos o momentos internos de la oración, eco sin duda de su gran espíritu práctico, da una primera impresión de mecanización, pero no resulta tanto cuando se penetra en el profundo sentido que como reflejo de la famosa frase de Olier posee: Jesús, ante los ojos, Jesús en el corazón y Jesús en las manos. Sin embargo, a una persona de nuestro tiempo, acostumbrada a la sencillez de las actitudes en la oración, puede parecerle sumamente compleja y hasta trabajosa la sucesión de actos, objetivos, y matices del método de San Juan Bautista.
Se puede decir que el método lasaliano de oración interior responde con toda claridad a la espiritualidad beruliano-sulpiciana, a la que su autor le da una impronta sistemática, probablemente aprendida en el metódico Tronson, hábilmente aprovechada por las virtudes pedagógicas de San Juan Bautista.
